一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國度的奇幻旅程（根據(jù)小說一克帝國異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

千年前一次山中偶遇，牽出一段三世情緣。 阿陰，因執(zhí)念而生，也因執(zhí)念毀了愛人的大好命數(shù)。 他生世遭遇的悲慘，全因她一時(shí)妄念…… 但她卻始終無法參透，為何愛人亦是傷人。

董明身為董家家族天才，突遭族兄暗害被廢全身筋脈，期間又被陷害，最后被迫離開家族和姨娘相依為命。 董明不甘如此，他不斷努力，想要重回巔峰一雪前恥！ 命運(yùn)總是眷顧努力的人，董明得到了上代人皇守護(hù)“靈小塔”的幫助和賞識。靈小塔本奉命來尋找下代人皇，巧與董明結(jié)緣，傳給了他修煉之道，助董明逆天改命。 從此董明修為不斷攀升，最終開拓出一條人類修行的最強(qiáng)道路，“人皇”之道！