一個滿是“門”的空間，這里被稱之為閥限世界，在這里門就是水閥，怪物是水流，一旦閥門失控怪物便會破門而出，如潮水般的涌入現(xiàn)實世界， 而兩個時間線里的兩支隊伍，分別是無以名為首的神仙組，段武常為首的超物質調查團隊，他們?yōu)樽柚惯@場末日浩劫，決定奮力一戰(zhàn)！ 隨著調查的深入，一個更大的陰謀浮出水面！

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

富家千金伊若水前世是個典型的乖乖女，熱愛音樂，彈得一手好鋼琴；她天真爛漫、不諳世事，從未懷疑過任何人，對自己的親人和戀人毫無防備，以致災禍相繼降臨。 多年后，伊若水再次遭遇暗算，在大火中喪生在死神的幫助下，伊若水得以重生，回到了八年前鋼琴大賽的那一天，重生后的伊若水如鳳凰涅槃一般，實現(xiàn)了痛苦而決絕的自我蛻變——她成熟多謀、運籌帷幄，走上了一條充滿愛恨與悲歡的復仇之路。