D.B星河紀(jì)元3000年左右 人類進(jìn)入第二次大開發(fā)時(shí)代， 人造小行星成為主要的生活區(qū)域 在星河團(tuán)中形成了龐大的交通網(wǎng)絡(luò)和居住星團(tuán)群， 人造小行星的創(chuàng)制業(yè)務(wù)成為這個(gè)時(shí)代可獲得最大贏利的項(xiàng)目之一 ，能源的緊缺進(jìn)一步出現(xiàn) 而土地資源隨著人造小行星的出現(xiàn)開始貶值 大開發(fā)時(shí)代的到來， 使得沉悶逐漸沒落的世界變得動(dòng)蕩而充滿希望“ 空賊團(tuán) "”宇宙牛仔“” 空間獵人“” 雇傭軍團(tuán)“” 銀河特快“ ”星球會(huì)計(jì)“ ”土地鑄造師“……各種新生行業(yè)紛紛出現(xiàn)。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

甲級(jí)戰(zhàn)犯死死惡重現(xiàn)于世，打破了本就虛偽又脆弱的和平。為了保全利益，蟲重勢力與其大打出手，揭開了大戰(zhàn)的帷幕，而引起這場戰(zhàn)爭的，卻是一個(gè)因身負(fù)詛咒才來到此地，勉強(qiáng)擦邊才通過了入學(xué)考核不久的姚命同學(xué)。殊不知，他進(jìn)入的，是一所被卷入漩渦中心，且被世人憧憬又忌憚的毀滅之地。它，被稱之為—黑幫大學(xué)。

在人類快速的發(fā)展下，人類和妖怪之間的平衡被打破。隨著環(huán)境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉(xiāng)生活在人類城市。然而妖怪卻沒有屬于自己的法律保障和社會(huì)權(quán)力，這是一個(gè)人類為妖怪構(gòu)建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運(yùn)呢？

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。