為防止門人脫離學(xué)派宗旨，墨家設(shè)有不為人知的組織“本墨”，以秘術(shù)監(jiān)視、協(xié)助墨者開展兼愛天下的理念。戰(zhàn)國末期，墨家三分，遙遠(yuǎn)、云飛、司空曼作為秦、楚、齊三國的本墨，為了彼此共同的理想，展開了波瀾瀾壯闊的戰(zhàn)國旅程

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

故事在廢土風(fēng)格基礎(chǔ)上架構(gòu)了一個極具頹廢氣息的末世界，具有魔族血統(tǒng)被視為異類的主角在爾虞我詐的世界里，希冀去實(shí)現(xiàn)自己近乎渺茫的理想——擁有一位真正的朋友。在主角的任務(wù)過程中，偶然結(jié)識到的一位伙伴正逐步打開著主角的心扉。