原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

在未來科學(xué)家制造了“盤古”這臺毀壞力超強的戰(zhàn)爭機器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤古”被用于戰(zhàn)爭。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤古被銷毀。 然而戰(zhàn)爭結(jié)束16年后，盤古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺得自己當年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類，自己制造出具有行動能力的機器，并開始大量制造各種戰(zhàn)爭機器人，開始報復(fù)人類，大舉進攻人類。

金子，省廳叱咤法醫(yī)界的法醫(yī)之花，意外穿成胤朝一縣丞家患有孤獨癥的女兒，眾人口中克死生母的不祥人。但是，她已經(jīng)不是從前那個逆來順受的金子了。為了生存下去，她絕不逆來順受；而骨子里法醫(yī)的熱血，也讓她無法坐視冤案在眼前發(fā)生。就算在古代，就算身為閨閣娘子，她也要用自己的雙手，來尋找真兇。不論如何穿越，她始終還是那個為活人昭雪，為死人伸冤的女法醫(yī)！

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……