明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

男主原是現(xiàn)代世界普通大學(xué)生，某天偶遇算命人并被告知災(zāi)禍將至，若不破解恐性命之危。因此男主接過(guò)山海玄中錄且答應(yīng)完成書(shū)中各妖娘所在世界對(duì)應(yīng)的任務(wù)......回家后，男主翻開(kāi)山海玄中錄第一頁(yè)出現(xiàn)攻略人物，瞬間被吸入書(shū)中，由此正式開(kāi)啟第一個(gè)攻略任務(wù)。

三千位面管理者女主神綾清玄意外死亡，為了尋回生命和記憶，必須不斷穿越位面，攻略位面中的反派男主，阻止其黑化。為了把小黑蓮男主染回小白蓮，女主神用她的實(shí)際行動(dòng)告訴圍繞在男主身邊的妖艷賤貨們：無(wú)論哪個(gè)世界，你爸爸還是你爸爸！