明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

這個世界上有著許多從遠(yuǎn)古流傳下來的“裂縫”，這些裂縫是人界與靈界之間的通道。普通的人類并不具備看到或通過裂縫的能力，但裂縫那邊的精靈可以。 于是在幾百年前，為了保持兩界平衡，人界出現(xiàn)了一個叫裂縫管理者的家族，他們的任務(wù)就是封印裂縫、驅(qū)逐精靈。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

自從人類發(fā)現(xiàn)上層大陸并大舉遷移，被留在暗夜大陸的人們只能在黑暗種族的壓迫下艱難求生。主角萬流童年時家鄉(xiāng)被血族屠遍，全村僅有萬流一人逃過一劫，萬流立誓復(fù)仇。可他的仇人竟是黑暗種族中萬年一見的天才加爾威廉！ 萬流并未因此氣餒，哪怕面對常人難以承受的磨練，哪怕遭遇陷害身陷絕境，哪怕孤身對抗來自人類與黑暗種族兩方的壓迫也絕不放棄。突破！變強(qiáng)！直抵帝君之位！為了復(fù)仇，也為了改變這混亂的世界！