一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫(huà)劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開(kāi)啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

比喻了一位名叫山脈的少年率領(lǐng)離子化、紡錘形、射電、羽毛、蝴蝶和仙組成了光弧教練的光之隊(duì)在宇宙星之飛球大賽的過(guò)程，從中遇到了由牙率領(lǐng)的金之隊(duì)、拱心環(huán)率領(lǐng)的獸之隊(duì)、藍(lán)離散率領(lǐng)的矢之隊(duì)等等并與光之隊(duì)決斗著，最終得到了冠軍。

一個(gè)滿(mǎn)是“門(mén)”的空間，這里被稱(chēng)之為閥限世界，在這里門(mén)就是水閥，怪物是水流，一旦閥門(mén)失控怪物便會(huì)破門(mén)而出，如潮水般的涌入現(xiàn)實(shí)世界， 而兩個(gè)時(shí)間線里的兩支隊(duì)伍，分別是無(wú)以名為首的神仙組，段武常為首的超物質(zhì)調(diào)查團(tuán)隊(duì)，他們?yōu)樽柚惯@場(chǎng)末日浩劫，決定奮力一戰(zhàn)！ 隨著調(diào)查的深入，一個(gè)更大的陰謀浮出水面！