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明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

故事在廢土風格基礎上架構了一個極具頹廢氣息的末世界，具有魔族血統(tǒng)被視為異類的主角在爾虞我詐的世界里，希冀去實現(xiàn)自己近乎渺茫的理想——擁有一位真正的朋友。在主角的任務過程中，偶然結識到的一位伙伴正逐步打開著主角的心扉。