原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

洛傾衣因為父親冤死，洛家滿門抄斬，恨透當朝皇上秦清軒，為了報仇，處心積慮進入皇宮，本是為了刺殺，不想被秦清軒感動，愛上秦清軒，可是被奸人挑撥差點害死了心愛的人，才知殺害自己的根本不是秦清軒后悔無比，索性最后二人都大徹大悟，經(jīng)歷重重磨難終于達成了白頭偕老的美滿結(jié)局。

主角駱島，一直以來滿足于像一個海洋中的孤島一樣生活。僅有的愛好是收集地圖和看地圖，人際交往減少到了最低限度。多年未聯(lián)系的好友丁亭的失蹤使他平靜的生活被打破了……