明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

由于人族的貪婪，其他種族逐漸在一次次的混戰(zhàn)中隱匿了痕跡——混戰(zhàn)中水中界被納入地上界版圖，除了精靈族，現(xiàn)在地上界的情況是這樣的：異族在人族中只剩下了傳說和教會的宣傳口號，但是除了精靈族外的其他種族其實(shí)在地上界還各有活動，只是隱藏了真實(shí)身份。拉法爾，來自天上界的精靈，由于不可告人的秘密來到人間界，遇見各色各樣的人類，并與其中三個(gè)伙伴組成團(tuán)隊(duì)一起粉碎邪惡的陰謀。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據(jù)現(xiàn)代人的印象，呈現(xiàn)出與生前的人形不同的形態(tài)。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時(shí)代，述寫新的傳奇。作品獨(dú)創(chuàng)性的提出“魂”與“靈體”之間關(guān)系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來的一代又一代的人身上，并永不停息的持續(xù)著“他們”之間的戰(zhàn)爭，此所謂“魂戰(zhàn)紀(jì)”。