明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話(huà)的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

甲級(jí)戰(zhàn)犯死死惡重現(xiàn)于世，打破了本就虛偽又脆弱的和平。為了保全利益，蟲(chóng)重勢(shì)力與其大打出手，揭開(kāi)了大戰(zhàn)的帷幕，而引起這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)的，卻是一個(gè)因身負(fù)詛咒才來(lái)到此地，勉強(qiáng)擦邊才通過(guò)了入學(xué)考核不久的姚命同學(xué)。殊不知，他進(jìn)入的，是一所被卷入漩渦中心，且被世人憧憬又忌憚的毀滅之地。它，被稱(chēng)之為—黑幫大學(xué)。

在人類(lèi)快速的發(fā)展下，人類(lèi)和妖怪之間的平衡被打破。隨著環(huán)境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉(xiāng)生活在人類(lèi)城市。然而妖怪卻沒(méi)有屬于自己的法律保障和社會(huì)權(quán)力，這是一個(gè)人類(lèi)為妖怪構(gòu)建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運(yùn)呢？

十萬(wàn)年前，忘仙宗老祖陳玄無(wú)敵于天下卻在巔峰時(shí)退隱，無(wú)人知曉，他是因系統(tǒng)金手指故障無(wú)法繼續(xù)突破，擔(dān)心晚節(jié)不保，才隱居世間的。某天，宗門(mén)后代女弟子前來(lái)求救，卻讓系統(tǒng)成功重啟……只要培養(yǎng)后代，他可以繼續(xù)變強(qiáng)，可以繼續(xù)獨(dú)斷萬(wàn)古！躲了十萬(wàn)年的玄天帝，帶著全新的金手指出山了……

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。