這個世界上有著許多從遠古流傳下來的“裂縫”，這些裂縫是人界與靈界之間的通道。普通的人類并不具備看到或通過裂縫的能力，但裂縫那邊的精靈可以。 于是在幾百年前，為了保持兩界平衡，人界出現(xiàn)了一個叫裂縫管理者的家族，他們的任務(wù)就是封印裂縫、驅(qū)逐精靈。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

三萬年前，他被譽為星空下第一強者，卻在眾叛親離下含恨埋骨；一萬年前，他成為這片沃土上唯一一名帝君，卻在外族的侵略之下國破身亡；五千年前，他帶領(lǐng)人類重新成為這個世界的主宰，卻在破鏡之時走火入魔，身死道消。在經(jīng)歷了八世重生之后，這位星空頂級強者，終于在這一世以一位普通少年——夏生的身份，睜開了他的雙眼。這一次，在他的靈魂深處，已經(jīng)赫然多了八口無上靈泉。前幾世的含恨與不甘，如何在這一世得到宣泄？

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。