在與現(xiàn)實(shí)世界極為相似的平行世界里，虛擬現(xiàn)實(shí)技術(shù)極度發(fā)達(dá)，一群在現(xiàn)實(shí)中身份各異的少年，進(jìn)入了名為尋找公主的虛擬現(xiàn)實(shí)游戲中，并在游戲中成為了朋友。殊不知這是一款由掌權(quán)者打造的，一款專門用于選拔的游戲。孩子們?cè)谟螒蚍N產(chǎn)生的數(shù)據(jù)會(huì)被電腦計(jì)算，篩選，最終選出智力，力量等各方面異于常人的潛力孩子，被選出的孩子將在特攻學(xué)院中進(jìn)行特殊培訓(xùn)，最終之戰(zhàn)將在現(xiàn)實(shí)展開。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據(jù)現(xiàn)代人的印象，呈現(xiàn)出與生前的人形不同的形態(tài)。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時(shí)代，述寫新的傳奇。作品獨(dú)創(chuàng)性的提出“魂”與“靈體”之間關(guān)系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來(lái)的一代又一代的人身上，并永不停息的持續(xù)著“他們”之間的戰(zhàn)爭(zhēng)，此所謂“魂戰(zhàn)紀(jì)”。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……