男主生活在一個(gè)充滿危險(xiǎn)又神奇的世界里，族群的不同也導(dǎo)致每個(gè)區(qū)域都互相侵占領(lǐng)土，戰(zhàn)爭(zhēng)不止，強(qiáng)者為王主宰一切。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

在人類快速的發(fā)展下，人類和妖怪之間的平衡被打破。隨著環(huán)境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉(xiāng)生活在人類城市。然而妖怪卻沒(méi)有屬于自己的法律保障和社會(huì)權(quán)力，這是一個(gè)人類為妖怪構(gòu)建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運(yùn)呢？

千年前一次山中偶遇，牽出一段三世情緣。 阿陰，因執(zhí)念而生，也因執(zhí)念毀了愛人的大好命數(shù)。 他生世遭遇的悲慘，全因她一時(shí)妄念…… 但她卻始終無(wú)法參透，為何愛人亦是傷人。

女主陽(yáng)蘿目睹母親被吸入一本天書，為了尋回母親，陽(yáng)蘿開始四處收集天書，并在“藏書閣”昴和男主人公習(xí)語(yǔ)的陪伴下，克服了種種困難。隨著收集的天書越多，陽(yáng)蘿發(fā)現(xiàn)母親竟然是天書里面的人物，并與身為人類的父親產(chǎn)生了愛的結(jié)晶，生下了自己。陽(yáng)蘿有一半天書血統(tǒng)的事瞬間引起了很多藏書閣的注意，并對(duì)陽(yáng)蘿采取了回收行動(dòng)。于是陽(yáng)蘿一邊應(yīng)對(duì)這些藏書閣，一邊加快速度收集天書。