明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

看起來(lái)有點(diǎn)“娘”的男生藺文佳，在COSPLAY時(shí)無(wú)意間竟然召喚出了妖狐妲己，妲己經(jīng)常不聽(tīng)話還喜歡調(diào)戲藺文佳，非?？床黄鹬魅伺橙醯哪锱谛愿?。與此同時(shí)藺文佳還遭到了同校學(xué)姐的追殺，原來(lái)這一切都是因?yàn)樗w內(nèi)蘊(yùn)藏著遠(yuǎn)古神秘一族的“遺骨”，具有最純正的具現(xiàn)師的血統(tǒng)，可以通過(guò)cos具現(xiàn)出任何逝去的英魂使之出現(xiàn)在這個(gè)時(shí)空并可以將其變成卡片，可以無(wú)限制的具現(xiàn)逝去的英魂戰(zhàn)姬。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。