明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

不知你有沒有聽過這么一種說法：預知前生事，今生所受事。前世之因，后世之果，如果你種下了這個因，那么無論經(jīng)過多少個輪回，你都擺脫不了這個結(jié)果。該如何化解呢？這也許是無可奈何、難以化解的宿命。 而有這么一種生意，偏偏就是要回到你種下因的這一世，找出宿命的根源，改變它，從而也改變你今生的結(jié)果。這門生意不收錢，收的僅僅是——你的一滴眼淚。 身世離奇的少女葉隱，從小被師父司音收養(yǎng)的她，在出師后，開始了這奇妙的時空之旅……