明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

夜幕降臨，賣萌裝狠了一整天的動物們終于有了放松的時間，動物園的地下室（禽獸）酒館開始營業(yè)。這里有喜歡喝酒但注重養(yǎng)生的熊貓乖爺（中年發(fā)福），有喜歡嘻哈隨時隨地freestyle的老板兼DJ葵花鸚鵡，有（自認為）高冷的面癱藏狐小方……有趣的動物客人們紛紛登場，展現(xiàn)和白天的自己截然不同的一面

傳說中的“死者之書”消失千年后再度現(xiàn)世，各國高層蠢蠢欲動，暗中發(fā)起了爭奪之戰(zhàn)，而剛從監(jiān)獄里完成任務出來的吉薩，本想拿著傭金先休息幾個月，卻因意外和考古界泰斗的孫女巫晴晴卷入了這場巨大的危機當中，可吉薩的體內(nèi)，卻封印著其中一部分“死者之書”的力量！

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

千年蛇妖趁封印變?nèi)跆恿顺鰜砗蟊焕习逅?，機緣巧合下遇見了前往陽界收回冥魂的判官大人崔鈺。