原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

為防止門人脫離學派宗旨，墨家設有不為人知的組織“本墨”，以秘術監(jiān)視、協(xié)助墨者開展兼愛天下的理念。戰(zhàn)國末期，墨家三分，遙遠、云飛、司空曼作為秦、楚、齊三國的本墨，為了彼此共同的理想，展開了波瀾瀾壯闊的戰(zhàn)國旅程

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

武道，決定命運，決定生死，弱者，受人欺凌，強者，俯瞰天下。這是一個恃強凌弱的世界，人們以武道修為來定等級論高低。各大門派為了爭奪最強之名，一直明爭暗斗。在這里，只有強者有權利生存下去，即使是同族同門之人，若是實力弱小，也只有被驅趕欺凌的下場。