明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

故事在廢土風(fēng)格基礎(chǔ)上架構(gòu)了一個(gè)極具頹廢氣息的末世界，具有魔族血統(tǒng)被視為異類的主角在爾虞我詐的世界里，希冀去實(shí)現(xiàn)自己近乎渺茫的理想——擁有一位真正的朋友。在主角的任務(wù)過程中，偶然結(jié)識到的一位伙伴正逐步打開著主角的心扉。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

死亡后來到的“天堂”亡靈的極樂世界，但，歡愉的背后……卻是地獄般的景象……