一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開(kāi)啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

2516地球環(huán)境惡化，人類將月球改造成了一個(gè)理想國(guó)度“龜塔”。 然而只有最優(yōu)秀的人才有移民權(quán)。同時(shí)因龜塔不斷脫落細(xì)胞（破壞力極強(qiáng)的怪物“蜉蝣”），使地球生存環(huán)境更加惡劣。為了盡快離開(kāi)地球，移民新世界，窮逼少年杜凜和伙伴們加入了機(jī)甲隊(duì)，靠擊殺蜉蝣獲取移民分，不想蜉蝣愈殺愈強(qiáng)，杜凜幾經(jīng)危險(xiǎn)，就在生死未卜之時(shí)，一個(gè)神秘蘿莉出現(xiàn)在了他的生命里，杜凜獲得了巔覆整個(gè)戰(zhàn)局的力量。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

各種能力的妖精在校園內(nèi)會(huì)碰撞出怎樣的火花呢？