原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據(jù)現(xiàn)代人的印象，呈現(xiàn)出與生前的人形不同的形態(tài)。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時(shí)代，述寫新的傳奇。作品獨(dú)創(chuàng)性的提出“魂”與“靈體”之間關(guān)系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來的一代又一代的人身上，并永不停息的持續(xù)著“他們”之間的戰(zhàn)爭(zhēng)，此所謂“魂戰(zhàn)紀(jì)”。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對(duì)話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。