明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

由于人族的貪婪，其他種族逐漸在一次次的混戰(zhàn)中隱匿了痕跡——混戰(zhàn)中水中界被納入地上界版圖，除了精靈族，現(xiàn)在地上界的情況是這樣的：異族在人族中只剩下了傳說和教會的宣傳口號，但是除了精靈族外的其他種族其實在地上界還各有活動，只是隱藏了真實身份。拉法爾，來自天上界的精靈，由于不可告人的秘密來到人間界，遇見各色各樣的人類，并與其中三個伙伴組成團隊一起粉碎邪惡的陰謀。

武道，決定命運，決定生死，弱者，受人欺凌，強者，俯瞰天下。這是一個恃強凌弱的世界，人們以武道修為來定等級論高低。各大門派為了爭奪最強之名，一直明爭暗斗。在這里，只有強者有權利生存下去，即使是同族同門之人，若是實力弱小，也只有被驅趕欺凌的下場。

丹田被廢，淪為劍奴！愛人背叛，雪上加霜！直到作為父親遺物的神秘天書覺醒……“這一次，欠我的，一個不落，我都要討回來！”少年一人一棍，踏碎凌霄，斬圣人，滅神魔，終成一代武極天尊！