原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

董明身為董家家族天才，突遭族兄暗害被廢全身筋脈，期間又被陷害，最后被迫離開家族和姨娘相依為命。 董明不甘如此，他不斷努力，想要重回巔峰一雪前恥！ 命運總是眷顧努力的人，董明得到了上代人皇守護“靈小塔”的幫助和賞識。靈小塔本奉命來尋找下代人皇，巧與董明結緣，傳給了他修煉之道，助董明逆天改命。 從此董明修為不斷攀升，最終開拓出一條人類修行的最強道路，“人皇”之道！