一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現未知區(qū)域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

身懷“源石”的修者少女青雨，為了逃避天軍的追捕，意外與困在虛境中的少年荊伍相遇...

在未來科學家制造了“盤古”這臺毀壞力超強的戰(zhàn)爭機器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤古”被用于戰(zhàn)爭。 世界大戰(zhàn)結束后，盤古被銷毀。 然而戰(zhàn)爭結束16年后，盤古神秘復活，并有自己的思想，覺得自己當年被遺棄，懷恨在心，決定復仇人類，自己制造出具有行動能力的機器，并開始大量制造各種戰(zhàn)爭機器人，開始報復人類，大舉進攻人類。