一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫(huà)劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開(kāi)啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

在與現(xiàn)實(shí)世界極為相似的平行世界里，虛擬現(xiàn)實(shí)技術(shù)極度發(fā)達(dá)，一群在現(xiàn)實(shí)中身份各異的少年，進(jìn)入了名為尋找公主的虛擬現(xiàn)實(shí)游戲中，并在游戲中成為了朋友。殊不知這是一款由掌權(quán)者打造的，一款專(zhuān)門(mén)用于選拔的游戲。孩子們?cè)谟螒蚍N產(chǎn)生的數(shù)據(jù)會(huì)被電腦計(jì)算，篩選，最終選出智力，力量等各方面異于常人的潛力孩子，被選出的孩子將在特攻學(xué)院中進(jìn)行特殊培訓(xùn)，最終之戰(zhàn)將在現(xiàn)實(shí)展開(kāi)。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話(huà)的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。