明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話(huà)的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

生于震那帝國(guó)的宋江，是一名正義感和好奇心強(qiáng)烈的采風(fēng)，在一次際遇中被卷入禁軍的紛爭(zhēng)中，得到“天印”的能力，化險(xiǎn)為夷。帝國(guó)能源“星石”日漸枯竭，化解這一問(wèn)題的線(xiàn)索，就藏在震那初代帝王所造的九顆天印中。 帝國(guó)太尉高俅聲稱(chēng)履行帝王的旨意，開(kāi)始了對(duì)天印的強(qiáng)行回收計(jì)劃。面對(duì)帝國(guó)禁軍的異動(dòng)，反抗帝國(guó)的勢(shì)力紛紛崛起。江決心要平息這場(chǎng)紛亂，一路上聯(lián)絡(luò)志同道合的英豪，率領(lǐng)著以劉武山為據(jù)點(diǎn)的反抗軍，開(kāi)始了討伐高俅。

女主陽(yáng)蘿目睹母親被吸入一本天書(shū)，為了尋回母親，陽(yáng)蘿開(kāi)始四處收集天書(shū)，并在“藏書(shū)閣”昴和男主人公習(xí)語(yǔ)的陪伴下，克服了種種困難。隨著收集的天書(shū)越多，陽(yáng)蘿發(fā)現(xiàn)母親竟然是天書(shū)里面的人物，并與身為人類(lèi)的父親產(chǎn)生了愛(ài)的結(jié)晶，生下了自己。陽(yáng)蘿有一半天書(shū)血統(tǒng)的事瞬間引起了很多藏書(shū)閣的注意，并對(duì)陽(yáng)蘿采取了回收行動(dòng)。于是陽(yáng)蘿一邊應(yīng)對(duì)這些藏書(shū)閣，一邊加快速度收集天書(shū)。