原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

混混少年秦明，文弱書(shū)生白齊，一個(gè)是設(shè)局人，一個(gè)是解局人；一個(gè)是陰差陽(yáng)錯(cuò)，一個(gè)是蓄謀已久。二人通過(guò)選拔，攜手進(jìn)入金吾衛(wèi)，雖屢遭到權(quán)貴刁難，二人憑借膽識(shí)及能力硬是殺出了一條血路。

為防止門(mén)人脫離學(xué)派宗旨，墨家設(shè)有不為人知的組織“本墨”，以秘術(shù)監(jiān)視、協(xié)助墨者開(kāi)展兼愛(ài)天下的理念。戰(zhàn)國(guó)末期，墨家三分，遙遠(yuǎn)、云飛、司空曼作為秦、楚、齊三國(guó)的本墨，為了彼此共同的理想，展開(kāi)了波瀾瀾壯闊的戰(zhàn)國(guó)旅程