明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

丹田被廢，淪為劍奴！愛人背叛，雪上加霜！直到作為父親遺物的神秘天書覺醒……“這一次，欠我的，一個不落，我都要討回來！”少年一人一棍，踏碎凌霄，斬圣人，滅神魔，終成一代武極天尊！

故事講述了個性開朗喜歡搗亂的小學生布丁，和性格有點暴躁的黃連，倆人的日常校園生活故事。