很久以前，妖獸橫行，禍害人間，百姓民不聊生。就在這時(shí)，一位仙人出現(xiàn)，他將妖獸引領(lǐng)到一個(gè)世外秘境，這個(gè)秘境被后人稱之為“山海界”。 數(shù)百年過(guò)去了，某一天仙人設(shè)下的結(jié)界受到破壞，部分靈獸出逃人間，為了將靈獸尋回，現(xiàn)任守界者靈發(fā)仙人來(lái)到人類(lèi)的世界。然而此時(shí)此刻，孟然和同學(xué)正因?yàn)檎`闖后山而遇到傳說(shuō)中的兇獸窮奇……

燕赤霞在家門(mén)遭變之后，看透世人的貪嗔欲愛(ài)，決心潛心修道。他的師傅為了試煉他，讓他只身去黑山捉妖。在試煉的過(guò)程中，燕赤霞遇上了不顧他人勸阻夜宿鬼寺的落魄書(shū)生寧采臣，二人成為鄰居。寧采臣偶遇女鬼聶小倩，兩情相悅。但小倩是被樹(shù)妖姥姥控制的鬼魂，專門(mén)迷惑精壯男子代姥姥吸取陽(yáng)氣。寧采臣欲救小倩脫離姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩無(wú)法脫離其魔掌。二人遂向燕赤霞求救，一場(chǎng)人鬼大戰(zhàn)就此展開(kāi)……

在人類(lèi)快速的發(fā)展下，人類(lèi)和妖怪之間的平衡被打破。隨著環(huán)境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉(xiāng)生活在人類(lèi)城市。然而妖怪卻沒(méi)有屬于自己的法律保障和社會(huì)權(quán)力，這是一個(gè)人類(lèi)為妖怪構(gòu)建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運(yùn)呢？

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

少年生活在一個(gè)人類(lèi)與怪物共存的大陸—紙風(fēng)車(chē)之國(guó)，平靜的日常下危機(jī)四伏…