甲級戰(zhàn)犯死死惡重現(xiàn)于世，打破了本就虛偽又脆弱的和平。為了保全利益，蟲重勢力與其大打出手，揭開了大戰(zhàn)的帷幕，而引起這場戰(zhàn)爭的，卻是一個因身負(fù)詛咒才來到此地，勉強擦邊才通過了入學(xué)考核不久的姚命同學(xué)。殊不知，他進入的，是一所被卷入漩渦中心，且被世人憧憬又忌憚的毀滅之地。它，被稱之為—黑幫大學(xué)。

燕赤霞在家門遭變之后，看透世人的貪嗔欲愛，決心潛心修道。他的師傅為了試煉他，讓他只身去黑山捉妖。在試煉的過程中，燕赤霞遇上了不顧他人勸阻夜宿鬼寺的落魄書生寧采臣，二人成為鄰居。寧采臣偶遇女鬼聶小倩，兩情相悅。但小倩是被樹妖姥姥控制的鬼魂，專門迷惑精壯男子代姥姥吸取陽氣。寧采臣欲救小倩脫離姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩無法脫離其魔掌。二人遂向燕赤霞求救，一場人鬼大戰(zhàn)就此展開……

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……