明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

一個滿是“門”的空間，這里被稱之為閥限世界，在這里門就是水閥，怪物是水流，一旦閥門失控怪物便會破門而出，如潮水般的涌入現(xiàn)實(shí)世界， 而兩個時間線里的兩支隊(duì)伍，分別是無以名為首的神仙組，段武常為首的超物質(zhì)調(diào)查團(tuán)隊(duì)，他們?yōu)樽柚惯@場末日浩劫，決定奮力一戰(zhàn)！ 隨著調(diào)查的深入，一個更大的陰謀浮出水面！

生于震那帝國的宋江，是一名正義感和好奇心強(qiáng)烈的采風(fēng)，在一次際遇中被卷入禁軍的紛爭中，得到“天印”的能力，化險為夷。帝國能源“星石”日漸枯竭，化解這一問題的線索，就藏在震那初代帝王所造的九顆天印中。 帝國太尉高俅聲稱履行帝王的旨意，開始了對天印的強(qiáng)行回收計(jì)劃。面對帝國禁軍的異動，反抗帝國的勢力紛紛崛起。江決心要平息這場紛亂，一路上聯(lián)絡(luò)志同道合的英豪，率領(lǐng)著以劉武山為據(jù)點(diǎn)的反抗軍，開始了討伐高俅。